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miRNA测序
发布时间:2015-01-26
miRNA测序

一、服务介绍

microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达)。miRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的miRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的miRNA测序,可以一次获得数百万条miRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的miRNA及其表达差异,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。

二、测序流程:

1. 样品RNA准备
2. 测序文库构建
   PAGE胶纯化特定大小的miRNA分子
    连接5’RNA接头
    连接3’RNA接头
    逆转录反应获得cDNA测序文库
    高保真聚合酶扩增构建的测序文库
3. DNA成簇(Cluster)扩增
4. 高通量测序(Illumina Genome Analyzer IIx)
5. 数据分析
    原始数据读取
    使用公用miRNA数据库注释已知miRNA
    深层次数据分析
三、样本要求:

1. 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

2. 样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3. 样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7。

4. 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5. 样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

、质量承诺
提供可靠数据和分析结果。

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